Koszty przebudowy kolizji urządzeń infrastruktury technicznej oraz późniejsze nieodpłatne przekazanie ich w zarząd samorządom mogą wpłynąć na kwalifikowalność VAT w projektach realizowanych za pieniądze unijne w sektorze transportu.
Ministerstwo Transportu, Budownictwa i Gospodarki Morskiej (MTBiGM) jest drugim po resorcie rozwoju regionalnego, które ostrzega gminy o negatywnych skutkach uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 czerwca 2013 r. (sygn. akt I FPS 1/13). Zgodnie z nią gminne jednostki budżetowe nie mogą być podatnikami VAT. W efekcie samorządy będą musiały zwracać część otrzymanych środków, jeśli okaże się, że podatek ten można teraz odzyskać. Unia Europejska stoi bowiem na stanowisku, że jeżeli tylko VAT w jakikolwiek sposób może zostać odliczony czy odzyskany, to nie może być uznawany za wydatek kwalifikowalny, który powiększa kwotę unijnego wsparcia.
Pismo w tej sprawie, do którego dotarł DGP, trafiło już do dyrektora Centrum Unijnych Projektów Transportowych. MTBiGM przeprowadziło wstępną analizę zmiany interpretacji przepisów podatkowych w sektorze transportu. Okazuje się, że problemy z kwalifikowalnością VAT mogą pojawić się przy kosztach przebudowy kolizji, których usunięcie jest niezbędne do realizacji projektu, a które to potem urządzenia (jako majątek) są nieodpłatnie przekazywane w zarząd jednostkom samorządu terytorialnego. 18 października upłynął termin, w którym Centrum miało przekazać informacje na temat beneficjentów podatku VAT będących gminami w projekcie uznanym za kwalifikowalny.
– Od początku było wiadomo, że uchwała NSA będzie miała znacznie większe konsekwencje finansowe, prawne, organizacyjne i podatkowe niż tylko kwestia statusu jednostek organizacyjnych gmin na gruncie VAT. Niestety, obecnie ze strony rządu nie ma jasnej deklaracji co do tego, czy po uchwale gminy będą musiały korygować swoje rozliczenia wstecz – mówi Michał Borowski, doradca podatkowy, menedżer zespołu VAT w kancelarii Ożóg i Wspólnicy. Dodaje, że Ministerstwo Finansów opublikowało komunikat, w którym zapewniało, że nie będzie takiej konieczności, ale jak widać, inne ministerstwa mają w tej kwestii różne zdania.
MF dotąd nie zajęło oficjalnego stanowiska w tej sprawie. – Taka sytuacja jest zdecydowanie niepożądana i powoduje dodatkowe zamieszanie w i tak niełatwej już sytuacji gmin – podkreśla Michał Borowski.
Z sygnałów, jakie docierają do naszej redakcji, wynika, że są już takie urzędy skarbowe, której kierując się czerwcową uchwałą NSA – i wbrew stanowisku MF, nadal prezentowanemu w interpretacjach podatkowych – odmawiają gminom prawa do zarejestrowania nowo tworzonych jednostek budżetowych jako odrębnych podatników VAT.