To efekt uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 czerwca 2013 r. (sygn. akt I FPS 1/13). Sąd orzekł w niej, że gminne jednostki budżetowe, czyli np. miejskie zakłady oczyszczania, zakłady transportu miejskiego, szkoły, przedszkola czy żłobki, nie mogą być odrębnymi podatnikami VAT, bo nie są wystarczająco samodzielne.

– Pismo do Komisji Europejskiej zostało wysłane w trybie konsultacyjnym, który nie wymaga żadnej zgody rządu. Było bardzo ogólnikowe – mówi nam anonimowo osoba z kręgu Ministerstwa Finansów. Potwierdza, że ministerstwo stara się w ten sposób zorientować, czy i w jakim stopniu byłaby zgoda Komisji Europejskiej na ewentualne odstępstwo od unijnej dyrektywy w sprawie VAT w przypadku gminnych jednostek budżetowych. Przepisy unijne określają cechy, jakimi mają się charakteryzować podatnicy VAT. Mowa jest w nich m.in. o odrębności podmiotu jako takiego.

– Ministerstwo Finansów chyba zdało sobie sprawę z ogromu problemów, jakie rodzi uchwała NSA. Stąd może pomysł, by utrzymać status quo jednostek budżetowych – zdradza informator DGP. Jak mówi, z tych zapewne powodów już po uchwale NSA minister finansów wydał wiążące interpretacje indywidualne utrzymujące w jednostkach budżetowych podmiotowość podatkową VAT. Tymczasem po uchwale NSA zapadły wyroki WSA z nią zgodne. To pogłębia chaos w samorządach.

– O tym piśmie do Komisji Europejskiej dowiedzieliśmy się parę dni temu – przyznaje Danuta Kamińska, skarbnik Katowic, przewodnicząca Komisji Skarbników Unii Metropolii Polskich. – Osobiście jestem za utrzymaniem status quo gminnych jednostek budżetowych dopóty, dopóki nie zmieni się struktura organizacyjna jednostek samorządu terytorialnego – dodaje.

Jerzy Martini, doradca podatkowy, partner w kancelarii Martini i Wspólnicy, wskazuje na długi okres niepewności, w jakim znajdą się samorządowcy, jeśli MF zdecyduje się wystąpić z wnioskiem o derogację.

– Zgodnie z przepisem dyrektywy taka decyzja powinna być wydana w ciągu 8 miesięcy od złożenia wniosku, ale w praktyce te terminy bywają dużo dłuższe. Nie można też zapominać, że w przypadku pozytywnej decyzji stosowne zmiany przepisów będą musiały zostać przygotowane i uchwalone – podkreśla Jerzy Martini.

– Możliwość przedłużenia stosowanych obecnie rozwiązań jest atrakcyjna, ale z drugiej strony niewątpliwie zanim to się stanie, gminy będą narażone na ryzyko błędnego rozliczania VAT, a osoby w nich odpowiedzialne za rozliczenia podatkowe – na ryzyko odpowiedzialności karnej skarbowej. Nie można jednak wykluczyć negatywnej decyzji, która tylko pogorszy i tak trudną sytuację – dodaje.