Jeśli organ skarbowy powziął wątpliwość co do prawidłowości rozliczeń podatnika i dał temu formalny wyraz, wszczynając postępowanie sprawdzające czy kontrolę, to sąd nie może zakwestionować jego postanowienia o późniejszej wypłacie nadwyżki podatku naliczonego nad należnym.
W artykule „Dłuższy termin na zwrot VAT pod kontrolą sądową” (DGP nr 151 (3541)/2013) autorka wskazała, że sądy administracyjne, analizując postanowienie organu podatkowego o przedłużeniu terminu na wypłatę podatku, będą oceniać uzasadnienie takiego rozstrzygnięcia, w tym dowody, którym urząd dał wiarę, oraz przyczyny, dla których innym odmówił wiarygodności.
Praktyka wygląda jednak inaczej. Możemy już zapoznać się z uzasadnieniem wyroku WSA we Wrocławiu z 24 lipca 2013 r. (sygn. akt I SA/Wr 761/13). Sąd uznał, biorąc za punkt wyjścia art. 87 ust. 2 zdanie 2 ustawy o VAT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054 z późn. zm.), że wystarczy powzięta przez organ wątpliwość (której dał on wyraz, wszczynając kontrolę podatkową czy postępowanie sprawdzające) co do zasadności zwrotu VAT, aby miał on prawo przedłużyć termin na dokonanie tej operacji. Z brzmienia tego przepisu wynika bowiem, że „naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin” (do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego), a więc, że jest to kwestia pozostawiona do jego uznania.
W konsekwencji sąd ocenił, że organ podatkowy był władny przedłużyć termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Skoro bowiem doszło do wszczęcia postępowania kontrolnego dotyczącego zasadności zwrotu (czyli organ uznał, że wymaga to dodatkowego zweryfikowania), to tym samym pojawiła się podstawa do wydania odpowiedniego postanowienia. Kompetencje urzędu wynikają w tym wypadku z art. 87 ust. 2 zdanie 2 ustawy o VAT, ale również stanowią logiczną konsekwencję założenia, że zwracany powinien być podatek obiektywnie należny przedsiębiorcy.
Stanowisko WSA we Wrocławiu oznacza, że waga skargi do sądu administracyjnego na postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu VAT może być mniejsza, niż sugeruje wskazany na wstępie artykuł. Okazuje się bowiem, że kompetencje sądu ograniczają się w tym przypadku do zbadania przesłanek takiego przedłużenia, tj. do odpowiedzi na pytanie, czy organ rzeczywiście stwierdził konieczność dodatkowego zweryfikowania zasadności zwrotu VAT. Pozytywna odpowiedź jest automatyczna – jeśli wszczęte zostały postępowanie sprawdzające, kontrola podatkowa lub postępowanie podatkowe.
Rzeczywistej kontroli, jeśli chodzi o konieczność weryfikacji deklaracji VAT, czynności dowodowe organu i jego ustalenia co do zasadności zwrotu podatku, sądy administracyjne mogą więc dokonywać dopiero na etapie analizy rozstrzygnięcia wymiarowego, korygującego rozliczenie złożone przez podatnika.
WSA we Wrocławiu przypomniał też, że prawodawca przewidział formę ochrony czy też wynagrodzenia podatnikowi niesłusznego wstrzymania zwrotu różnicy podatku naliczonego nad należnym. Mowa tu o wynikającej z art. 87 ust. 2 zdanie 3 ustawy o VAT konieczności wypłacenia należnej kwoty wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.

Michał Kazek, referendarz sądowy, WSA we Wrocławiu