Pieniędzy tych nie można z urzędu zaliczyć na poczet zaległości wynikających z nieostatecznej decyzji bez rygoru natychmiastowej wykonalności.
Takie korzystne dla podatników stanowisko zajął minister finansów w interpretacji ogólnej z 11 kwietnia 2013 r. (nr PK4/8012/75/AAN/13/RD-32130). Do tej pory w orzecznictwie sądów administracyjnych istniała rozbieżność co do dopuszczalności zaliczenia nadpłaty podatku na poczet zaległości wynikającej z decyzji nieostatecznej, której nie został nadany rygor natychmiastowej wykonalności.
Część sądów (w tym różne składy orzekające NSA) twierdziła, że jest to możliwe. Uzasadniały to tym, że zakaz wykonania decyzji nieostatecznej wyrażony w art. 239a Ordynacji podatkowej (t.j. Dz.U. z 2012 r., poz. 749 z późn. zm.) oznacza tylko tyle, że nie stanowi ona tytułu egzekucyjnego podlegającego przymusowemu wykonaniu w trybie postępowania egzekucyjnego w administracji (por. m.in. wyrok NSA z 18 maja 2012 r., sygn. akt II FSK 2078/10). Przepis ten nie wyklucza ani nie ogranicza zarachowania przez organ podatkowy z urzędu nadpłaty (lub zwrotu podatku) na poczet zaległych zobowiązań podatkowych.
Przeciwny pogląd zakładał, że zaliczenie nadpłaty jest jedną z form wykonania decyzji. Z kolei każde działanie, które prowadzi do wykonania decyzji nieostatecznej narusza normę art. 239a Ordynacji podatkowej (por. m.in. wyrok NSA z 25 października 2012 r., sygn. akt II FSK 624/11).
Minister finansów w interpretacji ogólnej przychylił się do tego ostatniego stanowiska, które obecnie dominuje w orzecznictwie sądów administracyjnych. Przypomniał również, że wstrzymanie wykonania decyzji nie pozbawia jednak strony możliwości dobrowolnego wykonania decyzji lub zaliczenia jej na poczet zaległości podatkowej. Jeżeli intencją strony jest dobrowolna zapłata podatku, to organ podatkowy, mimo wstrzymania wykonania decyzji, powinien ją respektować. Nie ma zatem przeszkód do realizacji decyzji nieostatecznej poprzez zaliczenie nadpłaty na wniosek podatnika lub za jego zgodą.
Zasady te mają również zastosowanie do zaliczania zwrotu podatku (art. 76b par. 1 Ordynacji podatkowej).
Organ podatkowy może nadać decyzji nieostatecznej rygor natychmiastowej wykonalności, gdy:
● ma informacje, że wobec podatnika toczy się inne postępowanie egzekucyjne należności pieniężnych,
● podatnik nie posiada majątku o wartości odpowiadającej wysokości zaległości wraz z odsetkami, na którym można ustanowić hipotekę przymusową lub zastaw skarbowy,
● podatnik zbywa majątek znacznej wartości,
● do końca terminu przedawnienia zobowiązania zostało mniej niż 3 miesiące.



Interpretacja ogólna ministra finansów z 11 kwietnia 2013 r. nr PK4/8012/75/AAN/13/RD-32130 (Dz.Urz. Min. Fin. z 25 kwietnia 2013 r. poz. 9).