W uchwale 7 sędziów z 7 lipca 2011 r. (I GPS 2/11) NSA rozstrzygnął, że opłacie paliwowej podlegają paliwa silnikowe, które już z samej nazwy służą napędzaniu silników spalinowych i tym samym mogą lub mogłyby nadawać się do napędu silników pojazdów drogowych. Zdaniem NSA przepisy dotyczące opłaty paliwowej nie uwzględniają w ogóle faktycznego wykorzystania paliw objętych opłatą, dlatego nie tylko paliwa wykorzystywane do napędu samochodów będą podlegać opodatkowaniu opłatą paliwową, ale też paliwa (oleje napędowe) przeznaczone np. do napędu lokomotyw.

W kolejnym wyroku z 2 sierpnia 2011 r. (I GSK 583/10) NSA stwierdził, że opłata paliwowa jest zgodna z przepisami unijnymi, w szczególności z art. 3 ust. 2 dyrektywy horyzontalnej, zgodnie z którą państwa członkowskie mogą nakładać na wyroby akcyzowe inne podatki pośrednie niż akcyza, ale gdy podatki te mają charakter celowy. Przeznaczenie opłaty na fundusz drogowy i kolejowy jest przeznaczeniem do szczególnych celów.

Opodatkowaniu opłatą paliwową podlegają czynności opodatkowane podatkiem akcyzowym, których przedmiotem są paliwa silnikowe. Z kolei ustawa z 6 grudnia 2008 r. o podatku akcyzowym (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 108, poz. 626 z późn. zm.) rozróżnia czynności opodatkowane akcyzą i stany faktyczne, takie jak ubytki paliwa. Opodatkowanie ubytków kłóci się więc z literalnym brzmieniem przepisów o opłacie paliwowej (ustawa o autostradach płatnych oraz o Krajowym Funduszu Drogowym oraz obrocie instrumentami finansowymi – Dz.U. z 2009 r. nr 223, poz. 1776), ponieważ nie są to czynności podlegające opodatkowaniu, lecz stany faktyczne.

Niezależnie od tego opłatą paliwową mają być opodatkowane tylko paliwa silnikowe, a więc oleje napędowe, benzyna oraz LPG. Pobieranie opłaty od ubytków innych wyrobów jest niezgodne z przepisami, ponieważ nie są to paliwa silnikowe, chyba że zostały faktycznie – a nie potencjalnie – przeznaczone na cele napędowe.