Tak, jeżeli podatnik kwestionuje zasadność pobrania przez płatnika podatku albo wysokość pobranego podatku, może złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty. Uprawnienie do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty przysługuje także płatnikom i inkasentom. Gdy nadpłata wiąże się z wpłatą dokonaną na podstawie złożonej deklaracji, wnioskowi o stwierdzenie nadpłaty towarzyszyć musi korekta deklaracji.

Trzeba podkreślić, że każda deklaracja może zostać skorygowana, czyli poprawiona w dowolnym zakresie zamieszczonych w niej wpisów.

Jeżeli prawidłowość skorygowanego zeznania (deklaracji) nie budzi wątpliwości, organ podatkowy zwraca nadpłatę bez wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę. Gdy skorygowana deklaracja budzi zastrzeżenia organu podatkowego, wydaje on decyzję, w której stwierdza nadpłatę w wysokości wynikającej z wyliczeń organu podatkowego. Decyzja stwierdzająca nadpłatę musi być też wydana w przypadku, gdy nadpłata powstała w związku z dokonaniem wpłaty bez konieczności złożenia deklaracji lub zeznania. Organ podatkowy określa wysokość takiej nadpłaty nawet w sytuacji, gdy jej zwrot nie budzi żadnych zastrzeżeń.

Jeżeli płatnik w deklaracjach za 2005 i 2006 rok wykazał oraz wpłacił podatek w wysokości większej od należnej, zaś w 2007 roku nie będąc zobowiązanym do składania deklaracji, wpłacił podatek w wysokości większej od należnej, to przysługuje mu uprawnienie do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty.