Obniżone odsetki (obecnie 10,5 proc. w stosunku rocznym) stosuje się pod warunkiem złożenia prawnie skutecznej korekty deklaracji wraz z uzasadnieniem jej przyczyn. Trzeba również wpłacić zaległość w całości w ciągu 7 dni od złożenia korekty. Od początku obowiązywania tego przepisu wątpliwość budziło to, czy powinien on mieć zastosowanie również do zaległości powstałych przed jego wejściem w życie, w sytuacji gdy korekta i zapłata nastąpiły już po tej dacie. Brak odpowiednich przepisów przejściowych spowodował profiskalne podejście władz podatkowych w stosunku do zaległości powstałych przed 1 stycznia 2009 r.

Problem rozstrzygnął WSA w Warszawie w wyroku z 21 lutego 2012 r. (sygn. akt III SA/Wa 1984/11). Podatnik wszedł w spór z organem podatkowym, który uznał, że odsetek za zwłokę nie można obniżyć, jeśli zaległość powstała do 31 grudnia 2008 r. Z takim stanowiskiem nie zgodził się WSA. Sąd wskazał, że zasadą jest, iż do określonych stanów faktycznych stosuje się przepisy obowiązujące w dacie ich powstania, a skoro nowy przepis Ordynacji podatkowej został wprowadzony 1 stycznia 2009 r., to norma w nim zawarta mogła objąć stany faktyczne powstałe po tej dacie. W ocenie WSA budowa spornej normy prawnej wskazuje, że warunkiem naliczenia obniżonych odsetek jest skuteczne skorygowanie deklaracji i pisemne uzasadnienie przyczyn korekty. Oznacza to, że niższe odsetki obejmują zaległości powstałe przed 1 stycznia 2009 r., o ile korekta deklaracji została złożona po tej dacie.