Ma się to odbywać w ramach prowadzonych ksiąg rachunkowych. Natomiast beneficjenci, którzy na podstawie odrębnych przepisów nie są obowiązani do posiadania ksiąg rachunkowych, mają obowiązek prowadzenia zestawienia faktur lub równoważnych dokumentów księgowych potwierdzających poniesione koszty.

Niewykonanie obowiązków związanych z ewidencją środków finansowych pozyskanych z Europejskiego Funduszu Rolnego pociąga za sobą konsekwencje finansowe.

Ich wprowadzenie przewiduje rozporządzenie ministra rolnictwa i rozwoju wsi z 5 lipca 2012 r. zmieniające rozporządzenie w sprawie szczegółowych warunków i trybu przyznawania pomocy finansowej w ramach działania „Szkolenia zawodowe dla osób zatrudnionych w rolnictwie i leśnictwie” objętego Programem Rozwoju Obszarów Wiejskich na lata 2007 – 2013 (Dz.U. z 2012 r., poz. 818).

Jeżeli zdarzenie powodujące poniesienie kosztów kwalifikowanych (tzn. tych kosztów, które mogą podlegać refundacji) nie zostało uwzględnione w oddzielnym systemie rachunkowości albo do jego identyfikacji nie wykorzystano odpowiedniego kodu rachunkowego, wówczas koszty te podlegają refundacji nie w całości, ale pomniejszonej o 10 proc.

Ireneusz Czapski, ekspert z Baker Tilly Poland, podkreśla, że choć zmiana przepisów wchodzi w życie 1 sierpnia 2012 r., to w przypadku podmiotów, które są obowiązane do prowadzenia ksiąg rachunkowych, stosuje się je dopiero od nowego roku obrotowego w rozumieniu przepisów o rachunkowości.