Zwolnienie z VAT usługi szkoleniowej finansowanej ze środków unijnych zależy od jej kwalifikacji jako usługi kształcenia zawodowego lub przekwalifikowania zawodowego oraz tego, czy i w jakiej części jest finansowana ze środków publicznych. Takie stanowisko zajęło Ministerstwo Finansów w interpretacji ogólnej z 15 czerwca 2012 r.
Z wyjaśnień resortu wynika, że zastosowanie będzie miało zwolnienie z par. 13 ust. 1 pkt 20 rozporządzenia do ustawy o VAT (Dz.U. z 2011 r. nr 73, poz. 392 z późn. zm.). Obejmuje ono usługi kształcenia zawodowego lub przekwalifikowania zawodowego finansowane w co najmniej 70 proc. ze środków publicznych.
Są to m.in. środki otrzymane w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki, czy Europejskiego Funduszu Społecznego.
W przypadku usług finansowanych w całości ze środków unijnych zastosowanie ma zwolnienie z art. 43 ust. 1 pkt 29 lit c ustawy o VAT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054 z późn. zm.).
Problematyczne może być określenie, kiedy dochodzi do finansowania usługi ze środków publicznych, gdy organizator szkolenia oprócz wynagrodzenia otrzymuje dofinansowanie.
Zdaniem resortu w zależności od tego, czy otrzymane przez świadczącego usługę szkoleniową środki publiczne składają się na obrót (stanowią podstawę opodatkowania) z tytułu świadczenia tej usługi (i w jakiej części), usługa ta będzie zwolniona z VAT lub nie.
Jednocześnie w podstawę opodatkowania wchodzić będą kwoty wynagrodzenia za usługę, np. wkłady własne wymagane przy projektach realizowanych z wykorzystaniem środków unijnych, przekazywane świadczącemu usługę przez przedsiębiorców kierujących swoich pracowników na szkolenia.
I tak, usługa nie będzie zwolniona z VAT, jeśli podatnik uzyska dofinansowanie ze środków publicznych, którego nie będzie mógł powiązać z konkretną usługą szkoleniową, gdyż nie będzie ona stanowić dopłaty wpływającej bezpośrednio na jej cenę.
Tak samo, gdy poza takim dofinansowaniem z tytułu świadczenia tej usługi otrzyma wynagrodzenie od usługobiorcy, np. wkład własny od przedsiębiorców kierujących swoich pracowników na szkolenie.
Realizowany w takim przypadku przez świadczącego usługę obrót w całości pochodzić będzie ze środków przekazanych przez przedsiębiorców.
A to oznacza z kolei, że nie będzie spełniona przesłanka dotycząca finansowania usług w co najmniej 70 proc. ze środków publicznych.

Interpretacja ogólna ministra finansów z 15 czerwca 2012 r. nr PT4/033/2-3/9/EFU/2012/PT-298