Przedsiębiorcy mogą stosować obniżony podatek, pod warunkiem że towar lub usługa spełniają warunki określone w ustawie lub rozporządzeniu wykonawczym.
Zastosowanie odpowiedniej stawki podatku od towarów i usług jest atrakcyjnym sposobem obniżenia zobowiązania. Wielu podatników nie waha się przed sądem dochodzić prawa do 8-proc., 5-proc. lub 0-proc. stawki.
Drugim powodem wnoszenia skarg do sądów w sprawie stawek VAT jest zmiana przepisów, która powoduje odmienną kwalifikację podatkową. Spory takie dotyczą np. gotowych dań i posiłków.
Jak wynika z wyroku WSA w Rzeszowie (z 24 kwietnia 2012 r., sygn. akt I SA/Rz 176/12), aby rozstrzygnąć, czy gotowe dania i posiłki opodatkować niższą czy wyższą stawką, trzeba zbadać, czy nadają się one od razu do spożycia, czy trzeba je jeszcze np. podgrzać lub usmażyć.
Sąd orzekł, że jedynie posiłki i dania od razu gotowe do spożycia, a więc np. przygotowane w restauracji, są opodatkowane stawką 5 proc. VAT. W przypadku dań, które trzeba rozpakować, a następnie podgrzać lub usmażyć (obrobić termicznie), stawka wynosi 8 proc. VAT.

Do celów opodatkowania VAT obowiązuje klasyfikacja PKWiU z 2008 r., natomiast do końca 2010 r. stosowana była klasyfikacja z 1997 r. Towary lub usługi będące przedmiotem czynności opodatkowanych wymienione w klasyfikacjach wydanych na podstawie przepisów o statystyce publicznej są identyfikowane za pomocą tych klasyfikacji.

Bardziej skomplikowany sposób opodatkowania dotyczy stawki na organizmy żywe.
Jak wskazał WSA w Gorzowie Wielkopolskim (wyrok z 25 kwietnia 2012 r., sygn. akt I SA/Go 115/12), stawka zależy od odpowiedniego zaklasyfikowania produktów do grupowania PKWiU.
Warto zwrócić uwagę, że obecnie obowiązuje klasyfikacja z 2008 r., natomiast do końca 2010 r. do celów VAT stosowana była klasyfikacja z 1997 r. Odnosząc się do istoty sporu, sąd uznał, że bezkręgowce wodne żywe, świeże lub chłodzone oraz pozostałe będą opodatkowane stawką podstawową VAT.
Podatnik sprzedawał bowiem larwy ochotki, larwy szklarki, rureczniki, doniczkowce, rozwielitki, oczliki, solowce, wrotki morskie, kiełże morskie i lasonogi-żywe, które należy zaklasyfikować do grupowania 01.49.19.0 „Pozostałe żywe zwierzęta hodowlane, gdzie indziej niesklasyfikowane”.
Sąd nie zgodził się więc z podatnikiem, który chciał opodatkować te zwierzęta niższą stawką VAT.
Kolejnym produktem spożywczym, którego nie można opodatkować stawką 5-proc. VAT, są napoje energetyczne i izotoniczne.
Jak orzekł WSA w Krakowie (wyrok z 20 marca 2012 r., sygn. akt I SA/Kr 2152/11), dostawa napojów bezalkoholowych, energetycznych lub izotonicznych mieści się w grupowaniu 11.07.19.0 PKWiU z 2008 r. i są one opodatkowane 23-proc. podstawowym VAT.
Podatnicy mają również problemy z opodatkowaniem sprzętu komputerowego.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku (wyrok z 22 maja 2012 r., sygn. akt I SA/Gd 311/12) orzekł, że dostawa sprzętu komputerowego dla placówek oświatowych, organizacji humanitarnych, charytatywnych lub edukacyjnych korzysta z preferencyjnego opodatkowania stawką 0 proc. VAT.
Z preferencji można skorzystać zarówno w sytuacji, gdy placówka zamawia komputery, jak i wtedy, gdy sprzęt zamawia placówka nadzorująca. Sąd wyjaśnił, że przez placówki oświatowe należy rozumieć szkoły, przedszkola publiczne i niepubliczne, szkoły wyższe oraz placówki opiekuńczo-wychowawcze.
Podatnicy, którzy nie mają pewności co do zastosowania stawki VAT, mogą wystąpić do ministra finansów o wydanie interpretacji indywidualnej.