Opodatkowanie zagranicznych funduszy inwestycyjnych wciąż budzi wątpliwości. W tej kwestii do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (TSUE) WSA w Bydgoszczy skierował pytanie prejudycjalne (postanowienie z 28 marca 2012 r., sygn. akt I SA/Bd 1035/11). Sąd nie ma pewności, czy brak zwolnienia od uzyskiwanych w Polsce dywidend dla funduszu z USA nie stanowi naruszenia zasady swobodnego przepływu kapitału.
Ostatnie orzecznictwo TSUE pozwala sądzić, że swoboda przepływu kapitału dotyczy także podmiotów z państw trzecich (np. wyrok z 10 maja 2012 r., C-338/11 do C-347/11 Santander, czy wyrok z 10 lutego 2011 r. C-436/08, C-437/08 Haribo).
Problem zwolnienia podatkowego w Polsce już wcześ- niej budził wątpliwości Komisji Europejskiej. W postępowaniu nr 2006/4093 Komisja zarzuciła Polsce, że przepisy ustawy o CIT dyskryminują zagraniczne fundusze inwestycyjne i emerytalne, przewidując opodatkowanie dochodów osiąganych przez te fundusze w Polsce, podczas gdy krajowe fundusze korzystają ze zwolnienia. Skutkiem tego była nowelizacja i od początku 2011 roku zwolnienie obejmuje wprost fundusze mające siedzibę w UE i EOG.
Mimo to Komisja nie uznała wprowadzonych zmian za wystarczające, kierując dodatkową opinię 17 czerwca 2011 r. Powodem jest to, że Polska uzależniła zwolnienie od podlegania przez fundusz zagraniczny opodatkowaniu podatkiem dochodowym od całego swojego dochodu, niezależnie od miejsca uzyskania.