Celnicy mogą tworzyć dobrowolne i samorządne organizacje, które będą ich reprezentować oraz bronić ich praw, interesów zawodowych i socjalnych.
Takie uprawnienia wynikają bowiem z ustawy o związkach zawodowych (t.j. Dz.U. z 2001 r. nr 79, poz. 854 z późn. zm.). Obecnie w Polsce funkcjonuje 6 związków zawodowych, do których należy tylko 28 proc. funkcjonariuszy celnych zatrudnionych w Służbie Celnej. Niechęć, którą ich koledzy wykazują, jeżeli chodzi o wstępowanie do związków zawodowych, związkowcy tłumaczą tym, że większość celników nie wierzy w to, iż związki mają realną siłę oddziaływania na stanowienie prawa. Część natomiast zniechęca to, że należąc do związku, należy opłacać składkę członkowską. Jednak zdarzają się też przypadki celników, którzy przyznają się do tego, że nie chce się zapisywać do związków, gdyż boją się negatywnej reakcji swoich przełożonych oraz tego, że deklaracja członkowska zamknie im drogę do awansu.