Fundacja, która chce uniknąć podatku od pożyczki, musi spełnić pewne warunki. Przede wszystkim fundacja, która pożycza pieniądze, musi mieć status organizacji pożytku publicznego. Artykuł 8 ust. 2a ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych (t.j. Dz.U. z 2010 r. nr 101 poz. 649 z późn. zm.) ustanawia zwolnienie dla takich podmiotów, jeżeli dokonają one czynności cywilnoprawnych wyłącznie w związku z nieodpłatną działalnością pożytku publicznego w rozumieniu przepisów o działalności pożytku publicznego i o wolontariacie. Tak będzie np. w przypadku zadań z zakresu nauki, szkolnictwa wyższego, edukacji, oświaty.

Co jednak, gdy fundacja nie jest organizacją pożytku publicznego lub gdy pożyczka będzie związana z odpłatną działalnością pożytku publicznego? Jarosław Ziółkowski, doradca podatkowy w Independent Tax Advisers, wyjaśnia, że fundacja, która wspiera zadania edukacji, a nie ma statusu organizacji pożytku publicznego, może skorzystać ze zwolnienia. Trzeba rozważyć, czy pożyczka nie podlega wyłączeniu spod opodatkowania na podstawie art. 2 pkt 1 lit. f ustawy o PCC. Przepis ten określa, że ogólnie nie podlegają podatkowi czynności cywilnoprawne w sprawach nauki, szkolnictwa i oświaty pozaszkolnej oraz zdrowia. Zgadzają się z tym organy podatkowe.

Jarosław Ziółkowski wskazuje jednak na jedną z interpretacji dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 12 listopada 2011 r. (nr IPPB2/436-24/07-2/MZ), który uznał, że wyłączeniu spod opodatkowania PCC podlegają wyłącznie czynności, jeśli związane są z działalnością opisaną w przepisach szczególnych, tj. np. w ustawie o systemie oświaty. Według eksperta oznacza to, że pożyczka, by nie podlegała opodatkowaniu, musi łączyć się bezpośrednio z prowadzeniem określonej działalności (np. placówki oświatowej) będącej przedmiotem regulacji odpowiednich przepisów o systemie oświaty.