Jednak niezmiennie sądy administracyjne podtrzymują stanowisko, że zarówno na same czynności, jak i na protokół nie przysługuje skarga do sądu, ponieważ dokumenty opisują tylko stan faktyczny, a nie dotyczą obowiązków czy uprawnień osoby kontrolowanej.

Zgodnie z art. 32 ustawy z 27 sierpnia 2009 r. o Służbie Celnej (Dz.U. nr 168, poz. 1323 z późn. zm.) funkcjonariusze są uprawnieni m.in. do żądania udostępniania akt, ksiąg i wszelkiego rodzaju ewidencji, przeszukiwania osób i pomieszczeń, przesłuchiwania świadków, dokonywania oględzin oraz przeprowadzania eksperymentu.

Z takich czynności celnik powinien sporządzić protokół. Jednak w praktyce podatnicy mają niewielki wpływ na to, co znajduje się w protokole oraz innych dokumentach związanych z kontrolą. Z pewnością nie mogą zaskarżyć takiej dokumentacji do sądu administracyjnego, powołując się na art. 3 par. 2 pkt 4 prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.

– Zgodnie z tym przepisem podatnikowi przysługuje skarga na akty lub czynności z zakresu administracji publicznej dotyczące uprawnień lub obowiązków wynikających z przepisów prawa. Niezmienne od wielu lat sądy administracyjne stoją na stanowisku, że wszelkie czynności, takie jak oględziny, rewizja czy eksperyment, są czynnościami, które nie kształtują nowego stosunku prawnego kontrolowanego podmiotu – tłumaczy Magdalena Chmielewska-Cholewa, doradca podatkowy w Ernst & Young.

Czynności wykonywane przez Służbę Celną, polegające na podjęciu i przeprowadzeniu kontroli, mają na celu ustalenie stanu faktycznego i wskazanie uchybień, które są następnie opisywane w protokole. Wydanie wyniku kontroli mogłoby stanowić zaskarżalną czynność z zakresu administracji publicznej, w przypadku gdy przepis prawa nakładałby na kontrolowanego obowiązek podjęcia określonych działań.

Z tego powodu podatnik podczas kontroli powinien zadbać o to, żeby ten dokument wiernie oddawał rzeczywistość. W tym celu może przedstawić zastrzeżenia lub wyjaśnienia do protokołu, wskazując równocześnie stosowne wnioski dowodowe, w terminie 14 dni od dnia doręczenia protokołu.