Może ją zmienić tylko w dwóch przypadkach: albo w trybie autokontroli, uwzględniając skargę podatnika w pełni, albo przez ustalenia z podatnikiem dokonane w trakcie mediacji. Zastosowanie takiej procedury potwierdził NSA w wyroku z 11 stycznia 2012 r. (sygn. akt II FSK 1242/10).

Według sądu, gdyby organ podatkowy mógł zmienić interpretację na niekorzyść podatnika, którą wcześniej podatnik zaskarżył do sądu, to w takim przypadku odmówiłoby się podatnikowi prawa do sądu.

Jak mówi Sławomir Czyż, doradca podatkowy, autokontrola polega na uwzględnieniu przez organ w zakresie swojej właściwości skargi w całości do dnia rozpoczęcia rozprawy.

– Organ może w trybie autokontroli zmienić wydaną interpretację indywidualną, którą wnioskodawca zaskarżył do sądu, ale tylko w taki sposób, aby zmieniona interpretacja uwzględniała w całości żądanie wnioskodawcy wyrażone w skardze co do uznania określonego stanowiska za prawidłowe wraz z przedstawioną w niej argumentacją i konkluzjami – dodaje ekspert.

Taki pogląd potwierdza też NSA, np. w wyroku z 20 stycznia 2011 r. (sygn. akt II OSK 102/10).

Uprawnienie do skorzystania z autokontroli jest jednak ograniczone w czasie. Według Sławomira Czyża nie można zastosować autokontroli wcześniej niż w dniu, w którym organ miał możliwość zapoznania się ze skargą. Chodzi o to, że trudno uwzględnić skargę, nie znając jej treści. Takie też stanowisko wyraził NSA w postanowieniu z 11 maja 2011 r. (sygn. akt II OZ 401/11).