Wypełnienie obowiązku prowadzenia ksiąg rachunkowych może zostać poddane weryfikacji. Najwyższa Izba Kontroli (NIK) przyznaje, że z przeprowadzanych przez nią kontroli wynika, że podmioty zobowiązane do prowadzenia ksiąg często albo ich nie prowadzą albo robią to nierzetelnie. NIK może kontrolować działalność innych jednostek organizacyjnych i podmiotów gospodarczych (przedsiębiorców) niż budżetowych w zakresie, w jakim wykorzystują one majątek lub środki państwowe lub komunalne oraz wywiązują się ze zobowiązań finansowych na rzecz państwa. Przykładowo dotyczy to tych podmiotów, które wykonują zadania zlecone lub powierzone przez państwo bądź samorząd terytorialny, czy też wykonują zamówienia publiczne.

Paweł Biedziak z Najwyższej Izby Kontroli wyjaśnia, że w przypadku stwierdzenia w trakcie kontroli, że jednostka nie prowadzi ksiąg rachunkowych, może zostać ukarana.

Kierownik jednostki podlega odpowiedzialności karnej określonej w art. 77 ustawy o rachunkowości (t.j. Dz.U. z 2009 r. nr 152, poz. 1223 z późn. zm.), czyli grzywnie lub więzieniu do lat 2 albo obu tym karom łącznie. W takich przypadkach NIK zawiadamia prokuraturę.