Nowelizacja art. 90 ust. 10 ustawy o VAT (Dz.U. z 2004 r. nr 54, poz. 535 z późn. zm.) jest konieczna, ponieważ obecna regulacja jest niezgodna z Dyrektywą 2006/112. Problem dotyczy podatników, u których proporcja nie przekroczyła w danym roku 2 proc.

– Obecnie tacy podatnicy objęci są zakazem odliczenia podatku naliczonego, natomiast po nowelizacji będą mogli zdecydować, czy chcą te 2 proc. odliczać czy nie – tłumaczy Agnieszka Bieńkowska, partner, doradca podatkowy w MDDP.

Niezgodność obecnego przepisu z regulacjami Dyrektywy 2006/112, jako naruszającego zasadę neutralności VAT, została potwierdzona w wielu wyrokach NSA, ostatnio w wyroku z 23 lutego 2011. r. (sygn. akt I FSK 290/10). Jak wyjaśnia Agnieszka Bieńkowska zgodnie z utrwalonym w tym zakresie orzecznictwem Trybunału Sprawiedliwości UE, polscy podatnicy mogą w takim przypadku powoływać się bezpośrednio na przepisy dyrektywy i obliczać podatek na ich podstawie.

– Podatnicy, którzy do tej pory stosowali zakaz i nie odliczali podatku naliczonego, mogą skorygować złożone deklaracje i wystąpić o zwrot podatku – podpowiada Agnieszka Bieńkowska.

Niekorzystna będzie natomiast zmiana dotycząca podatników, u których proporcja przekroczy 98 proc., gdzie ogranicza się prawo do odliczenia całości podatku naliczonego, jeśli kwota, która zostałaby odliczona (a nie powinna) przekroczy 500 zł.

Zdaniem Andrzeja Nikończyka, partnera w Kancelarii KNDP, redakcja przepisu budzi duże wątpliwości, gdyż jeśli kwota podatku wyniesie 499 zł, podatnik będzie mógł odliczyć ją w całości, ale jeśli wyniesie 500 zł, to jej nie odliczymy.

– Zmusi to wielu podatników do poniesienia kosztów wyodrębniania kwot podatku naliczonego, które będą znacznie wyższe niż 500 zł, ale bez ich poniesienia nie będą mogli dokonać prawidłowego rozliczenia VAT – mówi Andrzej Nikończyk.

Zmiana ta nie będzie dotyczyć podatników, u których proporcja przekroczy 99 proc., gdyż wtedy zgodnie z przepisami wynosi 100 proc.

Zmiany w ustawie o VAT po uchwaleniu przez Sejm zostały przekazane do Senatu.