Rozliczenie za pośrednictwem płatnika jest korzystne dla osób fizycznych, które nie korzystają ze wspólnego rozliczenia z małżonkiem lub przewidzianego dla osób samotnie wychowujących dzieci, a także nie korzystających z żadnych ulg podatkowych. Szef w PIT-40 nie może bowiem uwzględnić preferencji w rozliczeniu i odliczeń podatkowych.

Jednak jeśli podatnik, którego rozliczy firma, przypomni sobie, że jednak ma prawo do jakiejś ulgi, może wykazać to odliczenie w indywidualnym zeznaniu PIT. Musi je złożyć do 2 maja 2011 r.