Według fiskusa wydatki poniesione przez spółki przejmowane w procesie łączenia spółek nie stanowią kosztów podatkowych jej następcy prawnego.
W trakcie procesu łączenia spółek spółka przejmująca jak i spółki przejmowane ponoszą różne wydatki związane z jego przeprowadzeniem. Są to takie wydatki, jak np. koszty doradztwa ekonomicznego i prawnego, koszty spotkań biznesowych przedstawicieli spółek, opłaty notarialne, skarbowe i sądowe oraz koszty dotyczące podwyższenia kapitału zakładowego spółki przejmującej oraz koszty towarzyszącego połączeniu podwyższenia kapitału zakładowego spółki przejmującej.

Wyłączenie z kosztów

Filip Siwek, szef departamentu podatkowego w Kancelarii Prawnej SWS, przypomina, że według stanowiska organów podatkowych z ogółu wydatków ponoszonych w procesie połączenia do kosztów uzyskania przychodów nie można zaliczyć kosztów ponoszonych przez spółki przejmowane. Wydatki poczynione przez spółki przejmowane na realizację procesu połączenia nie mogą zostać uznane za poniesione w celu osiągnięcia przychodów przez te spółki.
Zdaniem fiskusa konsekwencją połączenia zgodnie z przepisami kodeksu spółek handlowych jest rozwiązanie spółek przejmowanych bez przeprowadzenia postępowania likwidacyjnego. Oznacza to, że spółki przejmowane tracą byt prawny i jednocześnie status podatnika. Z tych powodów nie można uznać, że wydatki poniesione przez spółki przejmowane na proces konsolidacji mają jakikolwiek związek z wielkością osiągniętych przez spółki przejmowane przychodów. Do kosztów uzyskania przychodu możne zaliczyć wydatki ponoszone w procesie połączenia przez spółkę przejmującą, z wyjątkiem tych związanych z podwyższeniem kapitału zakładowego spółki przejmowanej. Takie stanowisko zajął na przykład dyrektor Izby Skarbowej w Gdańsku w interpretacji z 28 czerwca 2005 r. (nr BI/4218-0007/05).

Wydatki obligatoryjne

Niektóre sądy administracyjne aprobują to niekorzystne stanowisko, ale orzecznictwo nie jest w tej kwestii jednolite. Przykładowo WSA w Gdańsku w wyroku z 12 października 2009 r. (sygn. akt I SA/Gd 563/09) uznał, że jeśli spółka przejmująca wstępuje w sytuację prawną swojego poprzednika, tj. spółki przejmowanej, to następstwo to obejmować powinno wszelkie konsekwencje zdarzeń prawnych, które zaistniały w spółce przejmowanej i ujęte były w jej ewidencjach prowadzonych dla celów podatkowych.
Filip Siwek zauważa jednak, że to pozytywne dla spółek stanowisko nie ma charakteru powszechnego. Jego zdaniem trudno też wykazać, aby nawet te negatywne interpretacje naruszały przepisy ustawy o CIT. Wadliwa jest nie sama profiskalna interpretacja przepisów, ale przede wszystkich ich konstrukcje, które wyłączają z kosztów podatkowych te wydatki, które przecież mają charakter obligatoryjny w procesie łączenia podmiotów gospodarczych z punktu widzenia kodeksu spółek handlowych.