Z raportu Najwyższej Izby Kontroli wynika, że urzędy skarbowe kontrolują rocznie zaledwie 1 proc. podatników dokonujących transakcji wewnątrzwspólnotowych. Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską (nr 16096) poinformowało, że odsetek ten wyliczono, zestawiając liczbę kontroli przeprowadzonych przez urzędy skarbowe w zakresie wyłącznie transakcji wewnątrzwspólnotowych z liczbą podatników zarejestrowanych w organach podatkowych jako podatnicy VAT-UE, która wynosi blisko 420 tys. podmiotów.

Natomiast realizując działania kontrolne, urzędy skarbowe na grupie zarejestrowanych podmiotów przeprowadziły selekcje i wytypowały do kontroli podmioty, u których ryzyko wystąpienia nieprawidłowości było największe.

Urzędy skarbowe nie dotrzymywały także trzymiesięcznego terminu do realizacji wniosków o informacje na temat transakcji objętych podatkiem od wartości dodanej. Resort tłumaczył, że przedłużanie terminu jest praktyką dopuszczalną, a zainteresowane państwo członkowskie jest zawiadamiane o przyczynach przedłużenia terminu do udzielenia odpowiedzi.

W Biurze Wymiany Informacji Podatkowych w Koninie 19 kwietnia 2010 r. rozpoczęła się kontrola resortowa. Z jej wstępnych ustaleń wynika, że w 2009 roku standardy wymiany informacji uległy znacznej poprawie w porównaniu z latami poprzednimi.