Najnowsza nowelizacja Dyrektywy 2006/112 wprowadza ciekawą opcję dla państw członkowskich. Dodany art. 199a dyrektywy umożliwia wprowadzenie obowiązku rozliczenia VAT z tytułu dostawy przez nabywcę, również w transakcjach krajowych (między podmiotami krajowymi). Wcześniej obowiązujące przepisy dyrektywy zakładały taką opcję, lecz wyłącznie w odniesieniu do dostaw dokonywanych przez zagranicznego podatnika (nie posiadającego siedziby lub miejsca zamieszkania) na rzecz podatnika krajowego.

Rozliczanie VAT przez nabywcę w transakcjach pomiędzy dwoma podmiotami krajowymi jest nowością. Co prawda niektóre państwa członkowskie (np. Wielka Brytania), na podstawie uzyskanych derogacji wprowadziły już wcześniej w ograniczonym zakresie analogiczne regulacje, lecz dopiero teraz opcja ta stała się standardowym rozwiązaniem przewidzianym w dyrektywie.

Rozliczanie VAT przez nabywcę ma na celu ograniczenie nadużyć podatkowych. Rozwiązanie to powinno być wprowadzone zwłaszcza w odniesieniu do tych typów transakcji, które szczególnie często wykorzystywane są do oszustw podatkowych. Przykładowo, rozważane jest wprowadzenie obowiązku rozliczenia VAT przez nabywcę w przypadku dostawy złomu. Oczywiście zakres stosowania tego mechanizmu pozostawiony jest zasadniczo w gestii państwa członkowskiego pragnącego zastosować art. 199a dyrektywy. Z punktu widzenia podatników rozwiązanie to ma istotne zalety – przede wszystkim nie ma w takim przypadku konieczności zapłaty kwoty podatku przez nabywcę sprzedawcy. Kwota podatku wykazywana jest jedynie w deklaracji VAT jako podatek należny oraz z drugiej strony jako podatek naliczony (o ile podatnik uprawniony jest do odliczenia podatku). W przypadku takich podatników jest to korzystne z punktu widzenia przepływów finansowych. Wprowadzenie omawianego mechanizmu na szerszą skalę można byłoby uznać za rewolucję w zasadach rozliczania VAT.