Przepisy, które ograniczają czas trwania kontroli, nie mają zastosowania do postępowań prowadzonych w ramach szczególnego nadzoru podatkowego.
Specjalnie dla Dziennika Gazety Prawnej Ministerstwo Finansów wyjaśniło, że wyjątek od ograniczenia czasu trwania wszystkich kontroli dotyczy tylko kontroli przeprowadzanych w ramach szczególnego nadzoru podatkowego. W każdym innym przypadku przepisy ograniczające kontrole wymienione w ustawie o swobodzie działalności gospodarczej są stosowane. Przedsiębiorcy zajmujący się akcyzą i grami hazardowymi nie będą chronieni przepisami ustawy o swobodzie gospodarczej, które określają dopuszczalny czas trwania wszystkich kontroli u przedsiębiorcy w jednym roku kalendarzowym.
– Niektórych przepisów ustawy o swobodzie działalności gospodarczej (w tym art. 82 i 83) nie stosuje się wobec działalności gospodarczej przedsiębiorców w zakresie, o którym mowa w art. 30 ust. 2 pkt 2 i 3 i ust. 3 pkt 1 ustawy z 27 sierpnia 2009 r. o Służbie Celnej – tłumaczy Magdalena Kobos z Ministerstwa Finansów.
Dotyczy to kontroli przestrzegania przepisów prawa podatkowego w zakresie produkcji, przemieszczania i zużycia wyrobów akcyzowych, w szczególności ich wytwarzania, uszlachetniania, przerabiania, skażania, rozlewu, przyjmowania, magazynowania, wydawania, przewozu i niszczenia oraz w zakresie stosowania i oznaczania tych wyrobów znakami akcyzy. Ograniczenie czasu trwania kontroli nie dotyczy też kontroli przestrzegania przepisów regulujących urządzanie i prowadzenie gier hazardowych, o których mowa w ustawie z 19 listopada 2009 r. o grach hazardowych, oraz zgodności tej działalności z udzieloną koncesją lub zezwoleniem oraz zatwierdzonym regulaminem, a także kontroli prawidłowości i terminowości wpłat podatku akcyzowego od niektórych wyrobów oraz podatku od gier.
Zakres, forma i częstotliwość tych kontroli zależy od analizy ryzyka. Organy nie prowadzą kontroli dłużej niż to niezbędne dla ustalenia stanu faktycznego i zebrania dowodów niezbędnych dla sprawdzenia, czy kontrolowani wywiązują się z obowiązków wynikających z przepisów prawa.