W wyniku nabycia przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części u nabywcy może powstać wartość niematerialna i prawna w postaci wartości firmy, jako dodatnia różnica między ceną nabycia a wartością rynkową składników majątkowych wchodzących w skład nabytego przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części. Wartość firmy może być amortyzowana.

W przypadku odprzedaży przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części pojawia się pytanie, w jaki sposób traktuje się wartość firmy w prawie podatkowym. Z zasad ogólnych dotyczących podatkowego potraktowania wartości niematerialnych i prawnych można wywnioskować, że kosztami uzyskania przychodów są odpisy amortyzacyjne, a w przypadku odpłatnego zbycia takiej wartości wydatki poniesione na jej nabycie, pomniejszone o sumę opisów amortyzacyjnych. W przypadku odprzedaży przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części wraz z wartością firmy do kosztów uzyskania przychodów może więc zostać zaliczona niezamortyzowana wartość firmy. Nabywca przedsiębiorstwa, przed całkowitym zamortyzowaniem powstałej przy jego nabyciu wartości firmy, może zdecydować o dalszym zbyciu jedynie zorganizowanej części tego przedsiębiorstwa. Ustawy o podatkach dochodowych nie określają sposobu rozliczenia odpowiadającej mu części niezamortyzowanej wartości firmy.

Nie ma jednak przeszkód do zaliczenia części niezamortyzowanej wartości firmy do kosztów podatkowych w chwili jej zbycia. Wartość ta powinna być ustalona proporcjonalnie na podstawie wartości majątku objętego transakcją i pozostającego u zbywcy, ustaloną na moment wprowadzenia go do ksiąg.

Stanowisko to podzielane jest przez organy podatkowe (por. pismo naczelnika świętokrzyskiego urzędu skarbowego z 22 listopada 2006 r.; nr RO/423-57/06, pismo dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 1 czerwca 2009 r.; nr IPPB5/423-108/09-2/MB).