Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską (nr 13779/10) odniosło się do skutków zmiany indywidualnej interpretacji podatkowej. Warunkiem wniesienia do sądu administracyjnego skargi na indywidualną interpretację podatkową jest wezwanie do usunięcia naruszenia prawa. Właściwy do zmiany interpretacji indywidualnej jest minister finansów. Ministerstwo ustaliło procedurę zmiany interpretacji następującej po wniesieniu wniosku o usunięcie naruszenia prawa.

Gdy minister finansów zmieni interpretację, właściwy dyrektor izby skarbowej powinien wnieść do sądu o umorzenie postępowania w sprawie skargi na tę interpretację.

Ponadto gdy skarga na interpretację indywidualną zostanie już wniesiona do sądu administracyjnego, zastosowanie znajdzie instytucja autokontroli. Organem właściwym do uwzględnienia skargi w trybie autokontroli jest organ, który wydał daną interpretację, tj. właściwy dyrektor izby skarbowej.

W ocenie Ministerstwa Finansów organ, którego działanie zaskarżono, uwzględniając skargę w całości, wydaje interpretację indywidualną, w której jednocześnie zmienia zaskarżoną interpretację. Przekazując skargę wraz z aktami sądowi administracyjnemu, powinien w przypadku uwzględniania zarzutów skargi w całości wnieść o umorzenie postępowania.