Przy okazji ostatniej nowelizacji ustawy o VAT zlikwidowane zostało zwolnienie z tego podatku w przypadku wnoszenia aportów do spółek. Zwolnienia nie przewiduje nowe rozporządzenie wykonawcze do ustawy z 28 listopada 2008 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 212, poz. 1336), które weszło w życie 1 grudnia 2008 r. Przepisy przejściowe pozwalały na korzystanie ze zwolnienia do końca marca 2009 r. Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską (nr 8688) wyjaśniło wątpliwości dotyczące obecnych zasad opodatkowania aportów.

Jak wskazało MF, do 31 marca 2009 r. podatnicy, dokonując aportu, mogli zastosować zwolnienie z podatku. Po tej dacie wnoszenie wkładów niepieniężnych do spółek prawa handlowego i cywilnego podlega opodatkowaniu na ogólnych zasadach, określonych w ustawie o VAT, w zależności od przedmiotu aportu. Czynności te traktowane są jako czynności odpłatne. Zwolnienie dla czynności wnoszenia aportów zostało zlikwidowane ze względu na brak możliwości odliczania podatku naliczonego przy nabyciu towarów lub usług przeznaczonych do wniesienia jako aport do spółki oraz konieczność dostosowania polskich przepisów do regulacji unijnych.

Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację odniosło się również do zarzutów niewydania przez ministra finansów interpretacji ogólnej dotyczącej odpłatności bądź nieodpłatności wniesienia aportu. Resort wyjaśnił, że z uwagi na różnorodność sytuacji, które mogą wystąpić w praktyce, bardziej uzasadnione jest uzyskanie przez podatnika interpretacji indywidualnej, która dotyczyć będzie konkretnego stanu faktycznego, niż oczekiwanie na wydanie przez ministra finansów interpretacji ogólnej (która ze swej istoty nie rozstrzyga konkretnych stanów faktycznych). Wniosek o interpretację indywidualną może dotyczyć zaistniałego stanu faktycznego lub zdarzeń przyszłych. Nie ma więc przeszkód, by podatnicy planujący wniesienie aportu i mający wątpliwości co do tego, jak przepisy podatkowe będą traktowały taką czynność, wystąpili z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej dotyczącej zakwalifikowania planowanej czynności na gruncie przepisów o podatku od towarów i usług. MF zwróciło uwagę, że czynność wniesienia aportu może być opodatkowana w różny sposób, w zależności od tego, co będzie przedmiotem aportu.

Resort wskazał również, że zastosowanie się do interpretacji indywidualnej przed jej zmianą lub przed doręczeniem organowi podatkowemu odpisu prawomocnego orzeczenia sądu administracyjnego uchylającego interpretację indywidualną nie może szkodzić wnioskodawcy, jak również w przypadku nieuwzględnienia jej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej.