Lekarz lub inna osoba prowadząca prywatną praktykę jest traktowana przez fiskusa tak samo jak każdy inny podatnik uzyskujący dochody z pozarolniczej działalności gospodarczej. Podlega więc kontroli skarbowej na zasadach uregulowanych w Ordynacji podatkowej.
Organy podatkowe pierwszej instancji, którymi w przypadku lekarzy i innych osób fizycznych uzyskujących dochody z pozarolniczej działalności gospodarczej są urzędy skarbowe, przeprowadzają kontrolę podatkową jako u podatników lub płatników. W tym drugim przypadku wówczas, gdy zatrudniają innych podatników i pobierają oraz odprowadzają z tego tytułu podatki.

Kontrola podatkowa

Zanim dojdzie do jakiejkolwiek kontroli, podatnik prowadzący prywatną praktykę w szerszym zakresie, np. w formie niepublicznego ZOZ, może w formie pisemnej wyznaczyć osobę fizyczną, która będzie upoważniona do jego reprezentowania w jej trakcie oraz zgłosić tę osobę naczelnikowi urzędu skarbowego właściwemu w sprawie opodatkowania podatkiem dochodowym, wójtowi, burmistrzowi czy prezydentowi miasta - w zakresie podatków i opłat lokalnych, np. podatku od nieruchomości.
Kontrolę podatkową podejmuje się z urzędu, a w zakresie spraw rozstrzygniętych decyzją ostateczną organu podatkowego co do zasady nie może być ona wszczęta ponownie. Kontrola podatkowa jest przeprowadzana na podstawie imiennego upoważnienia udzielonego przez: naczelnika urzędu skarbowego lub osobę zastępującą naczelnika urzędu skarbowego pracownikom tego urzędu. W zakresie np. podatku od nieruchomości oraz innych podatków i opłat lokalnych, przez wójta, burmistrza (prezydenta miasta), starostę lub marszałka województwa lub osobę zastępującą wójta, burmistrza (prezydenta miasta), starostę lub marszałka województwa - pracownikom urzędu gminy (miasta), starostwa lub urzędu marszałkowskiego.
Czynności kontrolnych dokonuje się w obecności kontrolowanego lub osoby przez niego wskazanej, chyba że kontrolowany sam zrezygnuje z prawa uczestniczenia w czynnościach kontrolnych. Są one prowadzone w siedzibie kontrolowanego, w innym miejscu przechowywania dokumentacji oraz w miejscach związanych z prowadzoną przez niego działalnością i w godzinach jej prowadzenia. Jeśli w toku kontroli czas prowadzenia działalności uległ skróceniu, czynności kontrolne mogą być prowadzone przez osiem godzin dziennie. W przypadku gdy księgi podatkowe są prowadzone lub przechowywane poza siedzibą kontrolowanego, kontrolowany na żądanie kontrolującego obowiązany jest zapewnić dostęp do ksiąg w swojej siedzibie albo w miejscu ich prowadzenia lub przechowywania, wtedy gdy udostępnienie ich w siedzibie może w znacznym stopniu utrudnić prowadzenie przez kontrolowanego bieżącej działalności.



Przedawnienie zobowiązań

Zobowiązanie podatkowe nie powstaje, jeżeli decyzja ustalająca to zobowiązanie została doręczona po upływie trzech lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym powstał obowiązek podatkowy. Na przykład, jeśli decyzja dotyczyłaby wymiaru podatku od nieruchomości, to aktualnie (rok 2009) mogłaby dotyczyć najdalej - sięgając wstecz 2006 roku. Gdyby np. wójt dostarczył obecnie podatnikowi decyzję ustalającą (lub zmieniającą wymiar podatku za 2005 r.), byłaby ona nieważna, bo nastąpiłoby przedawnienie.
Jeżeli jednak podatnik nie złożył deklaracji w terminie przewidzianym w przepisach prawa podatkowego lub w złożonej deklaracji nie ujawnił wszystkich danych niezbędnych do ustalenia wysokości zobowiązania podatkowego, zobowiązanie to nie powstaje, pod warunkiem że decyzja ustalająca jego wysokość została doręczona po upływie pieciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym powstał obowiązek podatkowy. Dodatkowe zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług nie powstaje, jeśli decyzja ustalająca go została doręczona po upływie pieciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym powstał obowiązek podatkowy. Na przykład jeśli obecnie decyzja urzędu skarbowego miałaby dotyczyć podatku dochodowego czy podatku od towarów i usług, nie może sięgać wstecz dalej niż do 2002 roku. Obowiązek podatkowy za ten rok powstał bowiem do 30 kwietnia 2003 r. (a w przypadku VAT do 25 stycznia 2003 r.) i od końca tego roku liczy się okres pięcioletni.

Z nieujawnionych źródeł

Z kolei zobowiązanie z tytułu opodatkowania dochodu nieznajdującego pokrycia w ujawnionych źródłach przychodów lub pochodzącego ze źródeł nieujawnionych nie powstaje, jeżeli decyzja ustalająca go została doręczona po upływie pięciu lat, licząc od końca roku, w którym upłynął termin do złożenia zeznania rocznego dla podatników podatku dochodowego od osób fizycznych, za rok podatkowy, którego dotyczy decyzja.
Trzeba też wiedzieć, że bieg powyższych terminów może być zawieszony. Stanie się tak wówczas, gdy wydanie ostatecznej decyzji jest uzależnione od rozstrzygnięcia zagadnienia wstępnego przez inny organ lub sąd (czyli gdy sprawa zostanie wszczęta przed upływem terminu przedawnienia i nierozstrzygnięta). Zawieszenie biegu terminu przedawnienia trwa do dnia, w którym decyzja innego organu stała się ostateczna lub orzeczenie sądu uprawomocniło się, nie dłużej jednak niż przez dwa lata. Na przykład jeśli urząd skarbowy rozpoczął czynności wyjaśniające w sprawie podatku dochodowego za 2002 rok przed 1 stycznia 2009 r., to sprawa ta może się przedawnić (jeśli wcześniej nie zapadną ostateczne decyzje) dopiero z dniem 31 grudnia 2010 r., a nie 31 grudnia 2008 r.