Organy podatkowe pierwszej instancji, którymi w przypadku lekarzy i innych osób fizycznych uzyskujących dochody z pozarolniczej działalności gospodarczej są urzędy skarbowe, przeprowadzają kontrolę podatkową jako u podatników lub płatników. W tym drugim przypadku wówczas, gdy zatrudniają innych podatników i pobierają oraz odprowadzają z tego tytułu podatki.

Kontrola podatkowa

Zanim dojdzie do jakiejkolwiek kontroli, podatnik prowadzący prywatną praktykę w szerszym zakresie, np. w formie niepublicznego ZOZ, może w formie pisemnej wyznaczyć osobę fizyczną, która będzie upoważniona do jego reprezentowania w jej trakcie oraz zgłosić tę osobę naczelnikowi urzędu skarbowego właściwemu w sprawie opodatkowania podatkiem dochodowym, wójtowi, burmistrzowi czy prezydentowi miasta - w zakresie podatków i opłat lokalnych, np. podatku od nieruchomości.

Kontrolę podatkową podejmuje się z urzędu, a w zakresie spraw rozstrzygniętych decyzją ostateczną organu podatkowego co do zasady nie może być ona wszczęta ponownie. Kontrola podatkowa jest przeprowadzana na podstawie imiennego upoważnienia udzielonego przez: naczelnika urzędu skarbowego lub osobę zastępującą naczelnika urzędu skarbowego pracownikom tego urzędu. W zakresie np. podatku od nieruchomości oraz innych podatków i opłat lokalnych, przez wójta, burmistrza (prezydenta miasta), starostę lub marszałka województwa lub osobę zastępującą wójta, burmistrza (prezydenta miasta), starostę lub marszałka województwa - pracownikom urzędu gminy (miasta), starostwa lub urzędu marszałkowskiego.

Czynności kontrolnych dokonuje się w obecności kontrolowanego lub osoby przez niego wskazanej, chyba że kontrolowany sam zrezygnuje z prawa uczestniczenia w czynnościach kontrolnych. Są one prowadzone w siedzibie kontrolowanego, w innym miejscu przechowywania dokumentacji oraz w miejscach związanych z prowadzoną przez niego działalnością i w godzinach jej prowadzenia. Jeśli w toku kontroli czas prowadzenia działalności uległ skróceniu, czynności kontrolne mogą być prowadzone przez osiem godzin dziennie. W przypadku gdy księgi podatkowe są prowadzone lub przechowywane poza siedzibą kontrolowanego, kontrolowany na żądanie kontrolującego obowiązany jest zapewnić dostęp do ksiąg w swojej siedzibie albo w miejscu ich prowadzenia lub przechowywania, wtedy gdy udostępnienie ich w siedzibie może w znacznym stopniu utrudnić prowadzenie przez kontrolowanego bieżącej działalności.