Z mocy prawa SP ZOZ nie mogą odliczać VAT, bo świadczenie usług medycznych uniemożliwia naliczanie tego podatku. Pogarsza to sytuację finansową placówek ochrony zdrowia. Powoduje wzrost zadłużenia, np. szpitali, pogorszenie ich płynności finansowej i wyników ekonomicznych. Nieodliczanie VAT z tytułu dokonywanych zakupów zwiększa przede wszystkim koszty funkcjonowania placówki.

Tak zwany współczynnik VAT, czyli relacja między sprzedażą opodatkowaną a całkowitą, kształtuje się w placówkach ochrony zdrowia na poziomie 3-5 proc. Jest on pochodną głównie, systematycznie ograniczanej przez ustawodawcę, skali działalności pozamedycznej SP ZOZ (np. dzierżawy pomieszczeń). Oznacza to praktyczny brak możliwości odliczenia podatku od ponad 95 proc. zakupów dokonywanych przez te jednostki.

Według szacunków GUS, w 2004 roku wydatkowały one 1 mld zł na zakup towarów i usług, bez możliwości odliczenia VAT. Ze względu na systematyczny wzrost środków przekazywanych na potrzeby ochrony zdrowia należy przyjąć, że obecnie kwota ta jest znacznie większa. Oznacza to, że proporcjonalnie wzrosło obciążenie finansowe SP ZOZ i ograniczenie zdolności płynnościowej sektora ochrony zdrowia.

Warto przypomnieć, że szacowany roczny koszt funkcjonowania ustawy o Państwowym Ratownictwie Medycznym wynosi około 1 mld zł. Potrzebne jest więc rozwiązanie systemowe pozwalające odzyskiwać wydatki związane z VAT przez publiczne placówki. Przynajmniej w części byłaby to alternatywa do akcji oddłużeniowych podejmowanych przez budżet wobec SP ZOZ.

Temu celowi mógłby służyć np. specjalny fundusz administrowany przez ministra zdrowia. Miałby on tę przewagę nad obecnym systemem wspomagania placówek, że dawałby wgląd jego administratorowi w politykę zakupów SP ZOZ, pozwalał ocenić np. ich racjonalność. Regionalnymi funduszami mogliby natomiast zarządzać np. wojewodowie w odniesieniu do placówek działających na ich terenie.

Propozycja ta może zostać skrytykowana ze względu na to, że narusza jednolite zasady poboru VAT. Warto jednak pamiętać, że sama ustawa dopuszcza różnego rodzaju odstępstwa i ulgi, np. zwolnienia z opodatkowania dotacji otrzymywanych przez podmioty gospodarcze na pokrycie kosztów działalności czy zakup środków trwałych. Zerową stawką objęte są także towary i usługi ze środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej, o ile umowa ich nabycia została zarejestrowana w Urzędzie Komitetu Integracji Europejskiej. Są zatem usprawiedliwione precedensy. Istotą tej propozycji jest przekonanie, że dla poprawy kondycji placówek służby zdrowia lepsze jest najgorsze nawet rozwiązanie systemowe, wpisane jednak w logikę funkcjonowania podmiotów, niż wydawanie pieniędzy na kolejne akcje oddłużeniowe, mimo że dla ratowania systemu ochrony zdrowia kolejne oddłużenie jest obecnie, niestety, niezbędne. Chodzi o to, żeby nie było ono konieczne w przyszłości.