Jeśli podatnik nie odliczył podatku w ustawowym terminie, ma na to pięć lat, licząc od początku roku, w którym podatek powinien zostać odliczony.
Europejski Trybunał Sprawiedliwości w wyroku w sprawie Magoora uznał za niezgodne z dyrektywami unijnymi polskie przepisy jedynie w tym zakresie, w którym wprowadziły one ograniczenia w odliczaniu VAT w większym stopniu niż obostrzenia istniejące w dniu 30 kwietnia 2004 r. Oznacza to, że prawo do odzyskania VAT mają wszyscy, którym takie prawo przysługiwałoby według stanu prawnego na dzień przed wejściem Polski do UE.

Polskie przepisy

Zdaniem ETS polski ustawodawca ograniczając prawo do odliczenia przy nabyciu paliwa (oraz samych samochodów, czy też ich leasingu) od 1 maja 2004 r., a następnie 22 sierpnia 2005 r. naruszył prawo wspólnotowe, w szczególności tzw. klauzulę stałości wynikającą z VI Dyrektywy.
Eksperci analizujący wyrok w sprawie Magoory podkreślają, że podatnicy, którzy w przeszłości użytkowali samochody z kratką oraz samochody spełniające tzw. wzór Lisaka, uprawnieni są do skorygowania wcześniej złożonych deklaracji i odzyskania nieodliczonego wcześniej podatku naliczonego m.in. z tytułu nabycia paliwa do wspomnianych samochodów. Gdy podatnicy tacy nadal użytkują samochody spełniające kryteria uprawniające do odliczenia paliwa przed 1 maja 2004 r. lub zgodnie z przepisami obowiązującymi przed 22 sierpnia 2005 r., wówczas mogą na bieżąco odliczać podatek naliczony, wynikający z nabycia paliwa do takich samochodów.
Zgodnie z przepisami Ordynacji podatkowej, jeżeli nadpłata powstała w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego lub orzeczenia Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości, wysokość nadpłaty podatnik musi określić we wniosku o jej zwrot, składanym do urzędu skarbowego. Do takiego wniosku podatnik musi dołączyć skorygowane deklaracje podatkowe za okres, którego dotyczy wniosek o zwrot podatku.

Stanowisko MF

Po wyroku Magoory stanowisko w sprawie odliczania VAT od paliwa zajęło również Ministerstwo Finansów. W opublikowanym komunikacie resort wyjaśnił, że uwzględniając fakt, że zgodnie z obowiązującą przed przystąpieniem Polski do Unii Europejskiej ustawą z 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz.U. nr 11, poz. 50 z późn. zm.) całkowity zakaz odliczenia podatku naliczonego od paliwa dotyczył samochodów osobowych oraz innych pojazdów o dopuszczalnej ładowności do 500 kg, zaś od 1 maja 2004 r. wprowadzono przepisy uniemożliwiające odliczenie podatku naliczonego przy nabyciu paliwa do samochodów osobowych oraz innych pojazdów samochodowych o dopuszczalnej ładowności mniejszej niż określona według wzoru: DŁ = 357 kg + n x 68 kg (tzw. wzór Lisaka) - skutki budżetowe z tytułu tego orzeczenia nie powinny być znaczące. Zgodnie z przepisami obowiązującymi od 1 maja 2004 r. np. dla samochodu o homologacji dla czterech osób ograniczenie w odliczaniu podatku naliczonego dotyczy samochodów o dopuszczalnej ładowności do 629 kg, zatem różnica dotyczy podatku naliczonego przy zakupie paliwa do aut o ładowności w przedziale od 500 do 629 kg.
Natomiast w związku z tym, że zmiana wprowadzona w przepisach ustawy o VAT od 22 sierpnia 2005 r. co do zasady miała charakter techniczny, nie powinny wystąpić skutki budżetowe w tym zakresie.
Dalej MF podkreśla, że skutki budżetowe z tytułu przyznania zgodnie z wyrokiem ETS odliczenia VAT od nabywanych przez podatników paliw do napędu pojazdów samochodowych zostaną w części zredukowane skutkami w podatkach dochodowych. W przypadku podatników, którzy zaliczyli wydatki z tytułu nieodliczonego podatku naliczonego w koszty uzyskania przychodów, ewentualna korekta w podatku od towarów i usług (i odliczenie tego podatku) skutkowałaby koniecznością dokonania stosownych rozliczeń w podatku dochodowym.
Resort podkreśla również, że możliwość ewentualnej korekty odliczenia podatku z tytułu nabytego paliwa do napędu pojazdów samochodowych uwarunkowana jest posiadaniem przez podatnika stosownych dokumentów homologacyjnych, z których wynika, że nie był to samochód osobowy.