Zgodnie z przepisami celnymi Unii Europejskiej, w szczególności pkt 14 preambuły rozporządzenia Komisji Wspólnot Europejskich nr 1875/2006 z 18 grudnia 2006 r., organy celne Wspólnoty zostały zobowiązane do zastąpienia w procedurze wywozu, uszlachetniania biernego oraz powrotnego wywozu dokumentów w formie papierowej elektroniczną wymianą danych. Nowoczesny system wymiany danych przy eksporcie towarów w praktyce rodzi jednak pewne problemy podatników. Dlaczego?
Wprowadzone rozwiązania powodują, że podatnik, aby mógł zastosować 0-proc. stawkę VAT w przypadku eksportu bezpośredniego, powinien posiadać dokument elektroniczny potwierdzający wywóz towaru poza terytorium UE, a takim dokumentem jest tzw. komunikat IE-599. Przepisy podatkowe nie określają, jakie dane powinien taki komunikat zawierać. Dosyć często zdarza się jednak, że oznaczenie towaru na komunikacie IE-599 jest mniej precyzyjne niż na fakturze VAT. W takich sytuacjach podatnicy mają wątpliwości, czy będą w stanie udowodnić, że towar, którego sprzedaż została potwierdzona fakturą VAT, to ten sam towar, którego wywóz potwierdza komunikat IE-599. W konsekwencji obawiają się, że władze skarbowe zakwestionują ich prawo do zastosowania zerowej stawki VAT. Rozsądne stanowisko, które jednocześnie powinno rozwiać w praktyce wątpliwości podatników, zajął w tej sprawie dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach w imieniu ministra finansów w interpretacji prawa podatkowego z 2 grudnia 2008 r. Organ słusznie zauważył, że w przypadku gdy procedura wywozu obsługiwana jest przez system ECS, zgodnie z art. 796e rozporządzenia Rady EWG nr 2454/93, urząd celny wywozu potwierdza fizyczne wyprowadzenie towarów przesyłając zgłaszającemu komunikat Potwierdzenie wywozu - komunikat IE-599, zaś podpisany i przesłany w systemie ECS przy użyciu klucza do bezpiecznej transmisji danych komunikat IE-599 jest dokumentem potwierdzającym wywóz towarów poza terytorium Wspólnoty. Komunikat ten zawiera dane zgłoszenia z momentu zwolnienia zgłoszenia do procedury wywozu oraz informację o potwierdzeniu wywozu lub zatrzymaniu towaru na granicy. Dodatkowo zgodnie z regulacjami rozporządzenia w sprawie szczegółowych wymogów, jakie powinno spełniać zgłoszenie celne, eksporter do zgłoszenia celnego o objęcie towarów procedurą wywozu winien dołączyć fakturę. Ponadto na komunikacie wskazany jest numer faktury, z której wynika, jakich towarów dokładnie dotyczy eksport. Tym samym, mimo że opis towarów na komunikacie IE-599 jest mniej precyzyjny niż na fakturze, to jednak istnieje obiektywna możliwość identyfikacji towaru będącego przedmiotem wywozu. Tym samym taki komunikat IE-599 będzie, zdaniem organu podatkowego, podstawą do zastosowania przez podatnika 0-proc. stawki VAT dla eksportu towarów.